Le Conseil Scientifique est composé du Doyen (président du Conseil), des Directeurs des Départements, du Secrétaire Général (assurant le secrétariat du Conseil), de 14 membres élus représentant les Enseignants (répartis à égalité entre, d'une part Professeurs et Maîtres de Conférences, et d'autre part Maîtres-assistants et Assistants) et de 4 autres membres élus représentant les étudiants.
Les prérogatives du dit Conseil sont définies par l'article n°27 du décret n° 89-1939 du 14 décembre 1989 :
- Le Conseil Scientifique examine les questions relatives au fonctionnement de l'Établissement, à l'organisation et au déroulement des études, aux programmes de formation et de stage, ainsi qu'aux programmes de recherche et leur avancement et propose la création de nouveaux Départements.
- Il donne son avis sur les critères d'attribution des missions, subventions et bourses ainsi que sur les besoins de l'Établissement en Enseignants et en Chercheurs.
Il examine chaque année le projet de budget de l'Établissement, après avoir été informé de l'exécution du budget de l'année écoulée et propose le cas échéant le programme de répartition du budget entre les divers Départements.
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